网站的目录是指网站建立时创建的目录。例如，使用Frontpage创建网站时，默认情况下会建立根目录和Images子目录。目录的结构是一个容易被忽视的问题。大部分站长都是在没有规划的情况下随意创建子目录的。目录结构的好坏对访问者来说没有太大的感觉，但是对网站本身的维护和以后内容的扩展移植有着重要的影响。所以目录结构要精心安排，比如：不要把所有文件都存储在根目录下。
有些网站制作者为了方便，把所有文件都放在根目录下。这很容易造成：文件管理混乱，哪些文件需要编辑更新，哪些无用文件可以删除，哪些是相关文件，影响工作效率；当上传速度较慢时，服务器通常会为根目录建立文件索引。如果所有文件都放在根目录下，即使只上传更新一个文件，服务器也需要重新搜索所有文件，建立新的索引文件。显然，文件越大，等待时间就越长。
根据列内容建立子目录。子目录的建立，首先根据主列。友情链接很多，需要经常更新的可以建立独立的子目录。但是一些相关性很强，不需要经常更新的栏目，比如网站介绍、站长情况等，可以合并放在一个统一的目录下。所有程序一般都存储在特定的目录下，例如CGI程序存储在cgi-bin目录下，所有下载的内容也更好存储在一个目录下，便于维护和管理。在每个主目录下建立一个独立的映像目录。一般来说，一个站点的根目录下有一个默认的Images目录。不方便把所有图片都保存在这个目录下。比如删除栏目的时候，图片的管理比较麻烦。
因此，为每个主列设置一个独立的图像目录是很方便的。原因很简单，就是维护管理方便。其他需要注意的是：目录的层次不要太深，不要超过3级；不要使用中文目录，这可能会给网站地址的正确显示造成困难；不要使用太长的目录，太长的目录名不容易记住；尽量使用有意义的目录，以便于记忆和管理。网站的链接结构是指页面之间相互链接的拓扑结构。它基于目录结构，但可以跨越多个目录。形象地说，
每一页都是一个固定点，一个链接就是两个固定点之间的连接。一个点可以与一个点相连，也可以与多个点相连。更重要的是，这些点不是分布在一个平面上，而是存在于一个三维空间中。网站链接结构的建立一般有两种基本方式：树状链接结构(一对一)，类似于DOS目录结构，第一级页面链接指向一级页面，第一级页面链接指向二级页面。用这样的链接结构浏览时，一级入口和一级出口都很清晰，访问者确切知道自己在哪里，不会“不知道自己在哪里”。但是浏览效率低，一列下的子页必须回到第一页，才能转到另一列下的子页。星形链接结构(一对多)，类似于网络服务器的链接，每页之间建立链接。浏览方便，随时可以到达自己喜欢的页面。
但是因为链接太多，很容易让访问者迷失方向，搞不清自己在哪里，看了多少。所以在实际的网站设计中，这两种结构总是一起使用。该网站希望访问者能够方便快捷地到达他们需要的页面，并清楚地知道他们的位置。所以更好的办法是在一级页面和一级页面之间使用星形链接结构，在一级页面和二级页面之间使用树形链接结构。链接结构的设计是实际网页制作中非常重要的一部分，采用什么样的链接结构直接影响到页面的布局。
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